Okulumuz 2013-2014 eğitim öğretim yılında Başakşehir ilçesi Şamlar Köyü Şamlar İlkokulu bünyesinde "Şamlar Özel Eğitim Uygulama Merkezi(1. ve 2.Kademe) olarak hizmet vermeye başlamıştır. Başakşehir'de açılan ilk özel eğitim okuludur.
Ekim 2016 itibariyle Okulumuz yine Başakşehir ilçesi Kayabaşı Mahallesi 17.Bölgede bulunan yeni eğitim binasına taşınmıştır, halen aynı binada eğitim-öğretime devam etmektedir. 2018-2019 eğitim öğretim yılının ikinci yarısında okulumuzun ismi bulunduğu bölgenin adını alarak Kayaşehir Özel Eğitim Uygulama Okulu olarak değiştirilmiştir.
Okulumuz Özel Eğitim alanında; yaptıklarıyla farklılık oluşturan; toplumun engellilere karşı olumsuz tavırlarını yıkan; gelişmeye açık ve kendine yetebilen bireyleri yetiştirmeyi vizyon edinen bir okuldur.
Okulumuzda I. ve II. Kademe olmak üzere 21 sınıfımız bulunmaktadır. Bu sınıflarda Orta – Ağır derecede zihinsel yetersizliğe sahip, otizmli ve down sendromlu ve çeşitli sendromlara sahip öğrencilere eğitim verilmektedir.